COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 4.113552 4.113552 4.278953
2021-06-05 17:00:00 3.610440 3.610440 4.361041
2021-06-04 17:00:00 2.627199 2.627199 4.456636
2021-06-03 17:00:00 5.518015 5.518015 4.575106
2021-06-02 17:00:00 4.396055 4.396055 4.666100
2021-06-01 17:00:00 3.974708 3.974708 4.732995
2021-05-31 17:00:00 6.024495 6.024495 4.904311

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 3.693182 3.693182 3.946510
2021-06-05 17:00:00 3.615448 3.615448 4.020500
2021-06-04 17:00:00 4.261364 4.261364 4.041720
2021-06-03 17:00:00 3.448276 4.166667 4.111156
2021-06-02 17:00:00 6.008969 6.008969 4.227956
2021-06-01 17:00:00 2.958580 2.958580 4.209970
2021-05-31 17:00:00 4.658385 1.420455 4.281606

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 15.422886 15.422886 8.475691
2021-06-05 17:00:00 9.011628 9.011628 8.446683
2021-06-04 17:00:00 14.912281 14.912281 8.784860
2021-06-03 17:00:00 4.225352 0.877193 9.004516
2021-06-02 17:00:00 10.054348 10.054348 9.332040
2021-06-01 17:00:00 6.382979 6.382979 9.537517
2021-05-31 17:00:00 8.219178 1.749271 9.871120

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 7.239819 7.239819 5.872387
2021-06-05 17:00:00 3.282937 3.282937 5.864243
2021-06-04 17:00:00 6.570117 6.570117 5.780917
2021-06-03 17:00:00 11.529933 11.529933 5.818875
2021-06-02 17:00:00 5.307356 5.307356 5.840827
2021-06-01 17:00:00 4.335091 4.335091 5.730488
2021-05-31 17:00:00 4.726368 4.726368 5.572372

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 3.811090 3.811090 4.508720
2021-06-05 17:00:00 3.502567 3.502567 4.511415
2021-06-04 17:00:00 5.032713 5.032713 4.650567
2021-06-03 17:00:00 5.112570 5.112570 4.761353
2021-06-02 17:00:00 5.206656 5.206656 4.848626
2021-06-01 17:00:00 5.278716 5.278716 4.934112
2021-05-31 17:00:00 9.299280 3.926720 4.988936

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 8.717689 8.717689 9.036829
2021-06-05 17:00:00 7.448583 7.448583 9.294157
2021-06-04 17:00:00 9.351621 9.351621 9.526580
2021-06-03 17:00:00 24.116424 12.896053 9.802460
2021-06-02 17:00:00 6.219313 6.219313 9.883161
2021-06-01 17:00:00 5.535437 5.535437 9.859340
2021-05-31 17:00:00 18.359375 18.359375 10.355869

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 1.189387 1.189387 2.050318
2021-06-05 17:00:00 3.231764 5.189029 2.025341
2021-06-04 17:00:00 1.821731 1.821731 1.965523
2021-06-03 17:00:00 1.207243 0.444774 1.962582
2021-06-02 17:00:00 2.266839 2.266839 1.947470
2021-06-01 17:00:00 1.408451 1.408451 1.955911
2021-05-31 17:00:00 1.709402 0.583303 1.977303

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 2.852595 2.852595 2.959247
2021-06-05 17:00:00 2.530120 2.530120 3.047949
2021-06-04 17:00:00 2.687219 2.687219 3.083834
2021-06-03 17:00:00 3.680751 3.680751 3.155103
2021-06-02 17:00:00 2.490851 2.490851 3.156587
2021-06-01 17:00:00 2.136518 2.136518 3.139415
2021-05-31 17:00:00 6.432599 6.432599 3.211849

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 3.076923 3.076923 2.205849
2021-06-05 17:00:00 1.582932 1.582932 2.360826
2021-06-04 17:00:00 1.224740 1.224740 2.481689
2021-06-03 17:00:00 2.164502 2.164502 2.549304
2021-06-02 17:00:00 2.871729 2.871729 2.676665
2021-06-01 17:00:00 1.314879 1.314879 2.737013
2021-05-31 17:00:00 4.071970 4.071970 2.823500

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 3.044953 3.044953 3.066816
2021-06-05 17:00:00 3.294047 3.294047 3.137150
2021-06-04 17:00:00 3.316631 3.316631 3.228284
2021-06-03 17:00:00 3.969619 2.203134 3.356870
2021-06-02 17:00:00 3.843875 3.843875 3.484512
2021-06-01 17:00:00 3.746140 3.746140 3.589585
2021-05-31 17:00:00 2.346250 1.061136 3.601310

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 2.748259 5.603287 5.475700
2021-06-05 17:00:00 6.068111 6.068111 5.480614
2021-06-04 17:00:00 6.120690 6.120690 5.527810
2021-06-03 17:00:00 8.333333 2.307185 5.721704
2021-06-02 17:00:00 7.467145 7.467145 5.835717
2021-06-01 17:00:00 3.297769 3.297769 5.901876
2021-05-31 17:00:00 11.086475 11.086475 5.859503

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 1.030928 1.030928 0.965076
2021-06-05 17:00:00 0.714286 0.714286 0.952783
2021-06-04 17:00:00 0.000000 0.000000 0.994556
2021-06-03 17:00:00 1.694915 1.694915 0.996351
2021-06-02 17:00:00 1.071429 1.071429 1.064870
2021-06-01 17:00:00 1.626016 1.626016 1.053875
2021-05-31 17:00:00 0.000000 0.000000 1.058328

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 7.894737 7.894737 4.843459
2021-06-05 17:00:00 4.970760 4.970760 4.806108
2021-06-04 17:00:00 2.193784 2.193784 4.931112
2021-06-03 17:00:00 7.909605 7.909605 5.196489
2021-06-02 17:00:00 4.485488 4.485488 5.461751
2021-06-01 17:00:00 1.995012 1.995012 5.585130
2021-05-31 17:00:00 3.666667 3.666667 5.745662

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 2.454992 2.454992 2.813086
2021-06-05 17:00:00 2.805611 2.805611 2.871564
2021-06-04 17:00:00 2.372479 2.372479 3.007606
2021-06-03 17:00:00 7.539683 2.328431 3.171727
2021-06-02 17:00:00 3.202847 3.202847 3.313803
2021-06-01 17:00:00 4.870624 4.870624 3.403758
2021-05-31 17:00:00 6.849315 1.308901 3.450945

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 4.237845 4.237845 4.083403
2021-06-05 17:00:00 3.850071 3.850071 4.010907
2021-06-04 17:00:00 4.023594 4.023594 4.051247
2021-06-03 17:00:00 8.308042 4.461194 4.140837
2021-06-02 17:00:00 3.800000 3.800000 4.274607
2021-06-01 17:00:00 4.249695 4.249695 4.390783
2021-05-31 17:00:00 5.287453 2.609776 4.360037

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 13.276027 13.276027 11.352771
2021-06-05 17:00:00 7.453704 12.910986 11.861959
2021-06-04 17:00:00 6.220248 14.973262 11.622900
2021-06-03 17:00:00 3.528468 3.528468 11.914177
2021-06-02 17:00:00 18.955513 18.955513 11.835249
2021-06-01 17:00:00 7.816804 7.816804 11.974095
2021-05-31 17:00:00 10.357403 10.357403 11.980097

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 2.371844 2.371844 2.427507
2021-06-05 17:00:00 1.680672 1.680672 2.342233
2021-06-04 17:00:00 4.297225 4.297225 2.358752
2021-06-03 17:00:00 4.634831 1.905312 2.312811
2021-06-02 17:00:00 2.309469 2.309469 2.289507
2021-06-01 17:00:00 1.860465 1.860465 2.247992
2021-05-31 17:00:00 2.253521 4.295775 2.238272

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 8.280638 8.280638 5.989450
2021-06-05 17:00:00 4.041451 4.041451 6.081634
2021-06-04 17:00:00 5.820380 5.820380 6.129519
2021-06-03 17:00:00 6.150121 6.150121 6.190198
2021-06-02 17:00:00 5.888346 5.888346 6.172013
2021-06-01 17:00:00 5.802777 5.802777 6.163244
2021-05-31 17:00:00 6.510220 6.510220 6.236861

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 3.271741 3.271741 2.831945
2021-06-05 17:00:00 2.558565 2.558565 2.855424
2021-06-04 17:00:00 2.197984 2.197984 2.947800
2021-06-03 17:00:00 5.090312 3.090214 3.056996
2021-06-02 17:00:00 2.801799 2.801799 3.157793
2021-06-01 17:00:00 3.112155 2.627665 3.230187
2021-05-31 17:00:00 5.666924 2.435791 3.318772

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 4.733728 4.733728 4.314739
2021-06-05 17:00:00 3.769841 7.224335 4.230022
2021-06-04 17:00:00 6.590909 6.590909 4.499877
2021-06-03 17:00:00 7.792208 1.023891 4.477404
2021-06-02 17:00:00 5.631399 5.631399 4.515985
2021-06-01 17:00:00 2.541106 2.541106 4.697668
2021-05-31 17:00:00 3.636364 1.009251 4.651348

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 4.098361 4.098361 5.514801
2021-06-05 17:00:00 3.246753 3.246753 5.618972
2021-06-04 17:00:00 4.854369 4.854369 5.656467
2021-06-03 17:00:00 3.571429 3.571429 5.862770
2021-06-02 17:00:00 6.779661 6.779661 6.072689
2021-06-01 17:00:00 5.797101 5.797101 6.596897
2021-05-31 17:00:00 38.461538 8.438819 6.651031

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-06 17:00:00 4.153686 4.153686 5.330661
2021-06-05 17:00:00 5.925251 5.925251 5.502511
2021-06-04 17:00:00 0.315861 5.631836 5.705152
2021-06-03 17:00:00 4.941176 4.941176 5.983891
2021-06-02 17:00:00 5.050505 5.050505 6.306842
2021-06-01 17:00:00 5.541035 5.541035 6.464177
2021-05-31 17:00:00 4.803843 4.803843 6.751217

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 3.693182 3.693182 3.946510
Basilicata 15.422886 15.422886 8.475691
Calabria 7.239819 7.239819 5.872387
Campania 3.811090 3.811090 4.508720
Emilia-Romagna 8.717689 8.717689 9.036829
Friuli Venezia Giulia 1.189387 1.189387 2.050318
Lazio 2.852595 2.852595 2.959247
Liguria 3.076923 3.076923 2.205849
Lombardia 3.044953 3.044953 3.066816
Marche 2.748259 5.603287 5.475700
Molise 1.030928 1.030928 0.965076
P.A. Bolzano 7.894737 7.894737 4.843459
P.A. Trento 2.454992 2.454992 2.813086
Piemonte 4.237845 4.237845 4.083403
Puglia 13.276027 13.276027 11.352771
Sardegna 2.371844 2.371844 2.427507
Sicilia 8.280638 8.280638 5.989450
Toscana 3.271741 3.271741 2.831945
Umbria 4.733728 4.733728 4.314739
Valle d'Aosta 4.098361 4.098361 5.514801
Veneto 4.153686 4.153686 5.330661

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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